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中国科学院生物物理研究所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制（图）
基因组 重复序列 Alu调控 转录
2023/7/13
2023年7月12日，中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》（Nature）上，在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。
研究人员开发空间转录组生物组织亚结构解析新工具（张世华等）（图）
空间转录组 结构解析 空间域 STAGATE
2022/4/25
近年来，空间转录组学（Spatial Transcriptomics，简称ST）的突破性进展使得研究人员在全基因组层面测量组织切片中特定空间位点的基因表达信息成为可能，这为研究人员破译组织的空间结构，理解复杂的生物学功能提供了条件。组织切片中具有相似基因表达空间模式的区域形成组织中特异的亚结构（简称为空间域）。精确破译空间域是空间转录组数据解析中最基本和关键的环节。然而，适用于单细胞异质性识别的经...
差异显示反转录PCR技术研究进展
mRNA 差异显示 聚合酶链反应
2008/9/27
分析一对细胞或组织在不同状态下基因表达的差异，已成为分子生物学研究领域的热点之一.近年来，用于识别差异表达基因的方法已发展起来多种.DDRT-PCR是近年来较为广泛应用的一种技术.理论上，DDRT-PCR技术比较简单，但实施起来却存在着假阳性率高，凝胶中单条cDNA带成分不均一, 所获cDNA仅代表着mRNA 3′UT区(约300 bp)以及一些低拷贝数mRNA不能有效被呈现等问题.对DDRT-P...
基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法
原核基因组(Prokaryotic genome) 转录起始位点(Transcription start site (TSS)) 计算定位(Computational location) 滑动窗口(Sliding window) 交迭组分特征(Overlap content features)
2008/3/6
转录起始位点的计算定位是基因转录调控研究的重要内容，但现有方法的识别性能较低。文章作者在已有原核启动子识别算法的基础上，提出了一种基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法，通过在合理限定的定位范围内对序列进行滑动扫描，来预测转录起始位点的位置。首先根据窗口序列的交迭组分特征和启动子其它特征分别建立二次判别分类器，用其计算对应位置的似然得分，再利用转录起始位点与翻译起始位点的间隔经验分布信息对...
酵母基因内含子中转录正调控位点的统计分析
酵母(Yeast) 内含子(Intron) 转录调控(Transcriptional regulation) 寡核苷酸分析(Oligonucleotide analysis) 转录因子结合位点(Binding site for transcription factor)
2008/3/6
以一组随机选取的对照序列中寡核苷酸的出现频率为基础，分析转录频率较高的酵母基因内含子序列的寡核苷酸使用情况，抽提出一批过表达的寡核苷酸。然后对抽取出的寡核苷酸和它们在每个高效转录基因内含子序列中重叠、连接后形成的长寡核苷酸序列片段进行分析，并对照实验结果和用比较分析方法获得的结果，推测这些寡核苷酸可能是高效转录基因内含子序列中潜在的转录因子结合位点。STATISTICAL ANALYSIS O...
酵母基因上游区与内含子可能的短程和长程转录协同增效作用
酵母基因 内含子 转录协同
2008/3/6
根据实验观察到的DNA成环和弯折机制，以140 bp为分界点，探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用（synergy）。用与随机序列做对比的方法，抽提出最近距离在140 bp以下的寡核苷酸对，以及最近距离在140 bp以上的寡核苷酸对。仔细分析两种距离下的可能的协同寡核苷酸对的位置特征和碱基组分，发现短程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离都在110 bp以下，位...
2006年的诺贝尔化学奖授予了美国斯坦福大学的科恩伯格（Roger D. Kornberg）教授，以表彰他在真核基因转录的分子机制研究方面做出的卓越贡献。